Во текот на Граѓанската војна во Грција (1946 – 1949), заедничкиот отпор на македонскиот и грчкиот народ против монархофашистичкиот режим имал масовен карактер. Грчките власти за да го скршат отпорот во Егејскиот дел на Македонија, извршиле репресалии со тешки последици посебно по населението во Македонија и Тракија. Прогоните, теророт и убиствата извршени врз Македонците биле огромни, а последиците по македонскиот народ биле катастрофални.

И покрај тешкотиите низ кои поминува македонскиот народ, отпорот на Македонците се` повеќе растел што предизвикува загриженост како кај монархофашистичката влада на Грција, така и кај сојузниците. Желбата на Македонците да се обединат трите дела на Македонија, првично поддржана од КПГ, предизвикува страв не само во Грција, туку и кај соседите.

Во периодот кога доаѓа до разгор на ослободителната војна на македонскиот и грчкиот народ, како и немоќта на Британците сами да се справат со состојбата на теренот, ги принудува Американците да превземат политички, економски и воени мерки. Тоа го зголемува стравот од поширок регионален конфликт, кој посебно се нагласува по Резолуцијата на Инфорбирото во летото 1948 година со која се осудува раководството на КПЈ и се бара смена на нејзиното раководство. Блокадата од Исток го принудува Белград да ја промени геостратешката политика, да бара нови сојузници и да го смени  односот кон граѓанската војна во Грција.

Во овој период, КПГ свесна дека се наоѓаат пред решителен пресврт и дека во таа борба и` е потребен македонскиот народ, го признава херојското држење на Македонците и правото да го најдат своето национално решение. На Петтиот пленумот на Комунистичката партија на Грција, одржан на 30 и 31 јануари 1949 година, бил прифатен ставот со кој на Македонците им се признава правото на самоопределување:

„Во Северна Грција македонскиот народ даде се` за борбата и се бори со нечуен хероизам, самопожртвување, што предизвикува восхит. Не треба да има никакво сомневање дека, како резултат од победата на ДАГ и народната револуција, македонскиот народ ќе го најде своето полно национално решение, онака како што сака самиот тој, давајќи ја денеска својата крв за неговото остварување... КПГ треба радикално да ги отстрани сите пречки, да се спротивстави на сите великогрчки шовинистички манифестации и постапки кои предизвикуваат незадоволство и негодување кај македонскиот народ... Словеномакедонскиот и грчкиот народ само обединети можат да победат...“

Ваквиот став на КПГ, колку и да се толкува како тактички потег за да се придобие македонскиот народ во заедничката борба со грчкиот народ против монархофашистичкиот режим и странските сили, сепак е значаен, бидејќи не само што во овој документ КПГ ја признава македонската национална посебност, туку што на македонскиот народ од Егејскиот дел на Македонија му дава право на самоопределување.

Врз основа на ваквиот став на грчките комунисти, на II пленум на главниот одбор на НОФ за Егејска Македонија, одржан на 2-3 февруари 1949 година, била донесена Резолуција во која се бара обединување на Македонија во независна и рамноправна држава во Балканска федерација. Со Резолуцијата се: „...наметнуваат тешки и важни задачи пред НОФ и пред целиот македонски народ“. Односно „НОФ треба уште повеќе да го мобилизира македонскиот народ и да биде вистински негов водач. Ефикасно да помогне 1949 година да биде година на победата и мирот што претставува вековен копнеж на грчкиот и македонскиот народ“. Затоа се носи решение за свикување на II-от конгрес на НОФ во текот на месец март 1949 година, на кој се очекува да бидат прокламирани новите програмски начела на НОФ. Тоа биле „начела што се вековна желба на нашиот народ“ и кои „ќе прокламираат соединување на Македонија во една независна, рамноправна македонска држава во народно-демократска федерација на балканските народи, што е остварување на долгогодишните крвави борби...“ („Непокорен“, орган на НОФ на Македонците во Егејска Македонија од 16 февруари 1949).

Ваквата позиција на Македонците од Егејскиот дел на Македонија ќе предизвика незадоволство во тогашна Југославија и ЦК на КПЈ ќе упати остри критики до ЦК на КПГ. Во радиограмата од 3 март 1949 година, испратена до ЦК на КПГ, во врска со политиката по македонското национално прашање, ЦК на КПЈ известува дека ставот што го зазеде II-от пленум по прашањето за Егејска Македонија во основа е правилен и полезен за денешната ослободителна борба на грчкиот народ. Меѓутоа, ЦК на КПЈ се чуди поради тоа што на II-от пленум на НОФ во Вичо била донесена „Резолуција во која се вели дека во март, Конгресот на НОФ ќе го прокламира обединувањето на Македонија во една единствена, независна и рамноправна македонска држава во народно-демократска федерација на балканските народи.

Според оваа порака, ЦК на КПЈ сметал дека таквиот став бил штетен и опасен за натамошниот развој на борбата на грчкиот народ, како и тоа дека истиот можел „да го поткопа единството на борците на ДАГ. Односно како што тврдел ЦК на КПЈ, „истакнувањето да се создаде независна држава во рамките на балканска федерација денес не е актуелно, туку само го одвлекува вниманието на грчкиот народ и на Македонците од Егеј од основната задача на заедничката борба против монархофашистите“.

За Кумунистичката партија на Југославија исто така не било сфатливо „како некој можел од името на еден дел на македонскиот народ, независно дали е тој од Македонците од Егеј или од Пирин, да сака да го реши македонското прашање, немајќи односи, ниту договор со Народна Република Македонија во која веќе е собрано мнозинството на македонската нација“. Поради тоа КПЈ во својата порака ќе истакне дека „таквата политика е насочена против ФНРЈ...“ Исто така ЦК на КПЈ сметал дека  „засебната прокламација за сенародно востание на Македонците од Егеј надвор од рамките на сенародното востание на цела Грција, може само да ја изолира борбата на Македонците од Егеј од заедничката борба на целиот грчки народ“. Поради тоа ЦК на КПЈ му препорачува на ЦК на КПГ дека „треба да го спречи водењето на таква политика на Конгресот на НОФ на Македонија...“

Од пораката на ЦК на КПЈ до ЦК на КПГ се гледа дека Белград, кој покрај со Инфорбирото не сака да се конфронтира и со Западот, и по секоја цена настојува да го спречи сценариото во кое се предвидува обединувањето на Македонија. На ова барање на Белград, КПГ набргу ќе ги демантира ставовите дека се бори за создавање на Балканска федерација и македонска држава.

Во демантот на ЦК на КПГ од март 1949 година, меѓу другото се нагласува дека: „...од монархофашистичка Атина, Лондон, се појави, иста лажна и клеветничка вест дека КПГ заклучила разни договори за создавање на Балканска комунистичка федерација и македонска држава, која би ги споила сите делови на Македонија што се наоѓаат под југословенска, бугарска и грчка власт“.
Според КПГ „сите овие вести, лажни, клеветнички, имаат за цел да го потпомогнат монархофашистичкото и империјалистичкото подривање на нашата борба, да го разбијат единството на борбата на грчкиот и македонскиот народ и да посеат раздор меѓу балканските народи“.